プロポリスの副作用としてもっとも多いのが、接触性皮膚炎であるといわれています。
1997年に皮膚科の臨床という雑誌に掲載された例で、プロポリスによる接触性皮膚炎が報告されています。この論文では、このときまで日本ではプロポリスによる接触性皮膚炎は22例報告されているそうです。著者は「成分が一定でなく、医学的に有用性が明らかでないいわゆる「自然食品」を、副作用のまったくない万能薬のように考え、皮膚病変に外用することは望ましくない。」と述べています。
プロポリスによる接触性皮膚炎をおこした方は、アレルギー体質の方が多いとされています。
また、レアケースではありますが、プロポリスの使用により肝障害受けた人もいるようです。これもやはりプロポリスに対して強いアレルギー反応がある人でした。アレルギーをお持ちの方は、プロポリスの使用は控えるほうがよいでしょう。

