プロポリスに副作用があるか否かについては、まずプロポリスの原塊が安全であるか?にかかってきます。プロポリスの原塊の選ばれ方、その製造過程が問題となります。
プロポリスそのものの安全性については、フランスの医学者イヴ・ドナデューの論文で、マウスにプロポリスを与えた実験を行い、報告されています。
もっとも、1996年以降「化粧品」「歯磨き」「入浴剤」にプロポリスの使用が認可されてから、接触性皮膚炎の報告があがっています。プロポリスは蜂が作るものですから、蜂アレルギーの方はプロポリス関連は控えた方がよさそうです。
プロポリス自体の安全性については、製造過程で厳しく品質管理されているという現状があります。また、日本でも業界主導の団体である日本プロポリス協議会や、全日本プロポリス協会が、成分の分析や毒性の検査を日本食品分析センター等に依頼し実行しています。ほかにも、プロポリスの大手業者も独自に、プロポリスの安全性を試験しています。

